厄尔尼诺通过影响不同区域的天气间接影响农产品的供应，进而造成全球农产品价格的大幅波动。厄尔尼诺发生的话，可能导致巴西和印度蔗糖减产，东南亚橡胶和棕榈油减产，阿根廷大豆增产。
其一是甘蔗。甘蔗原产于热带、亚热带地区，主产国是巴西、印度、中国和欧盟。甘蔗的整个生长发育过程需要较高的温度和充沛的雨量，不过，过量的降水会对甘蔗成长起到适得其反的作用。
2009年7月-2010年4月发生了一次中等强度的厄尔尼诺，造成巴西中南部降水偏多。过量的降水使得甘蔗糖含量下降，最终导致巴西2011/2012年度甘蔗总产量下降6%。受此影响，国际糖价连续9个月上涨，一度飙升至32.64美分/磅，创下历史最高值，累计涨幅达119.71%。
其二是橡胶。全球橡胶产地主要集中在东南亚地区，其种植面积占到全球的90%以上。橡胶树生长的适宜温度在18摄氏度-40摄氏度，同时橡胶树耗水比较多，年降水量2000毫米以上适合生长，但是降水量过多也会引发胶原病，影响产胶量。除此之外，强风也可能对树木造成不可逆转的伤害。
厄尔尼诺发生会对全球橡胶产量产生较大影响。2009年7月-2010年4月发生的厄尔尼诺，令东南亚很多地方遭受干旱，印尼2009年橡胶产量同比下降11.3%，橡胶价格持续上涨至2011年。2009年7月-2011年1月期间，天胶期货价格累计涨幅达118.7%，其间创出历史最高价43293元/吨。据印尼农业机构预测，若发生厄尔尼诺，2014/2015年度印尼橡胶产量将同比下降3%。
其三是棕榈油。棕榈油的主产区是东南亚和非洲，其产量约占全球总产量的88%。发生厄尔尼诺，可能导致马来西亚和印尼的棕榈树因遭遇干旱而减产。
在厄尔尼诺发生时期，马来西亚棕榈油出现了小幅减产或产量增速明显放缓现象。2006年9月-2007年1月发生的厄尔尼诺，导致BMD棕榈油价格连续上涨18个月，累计涨幅达137%。2009年7月-2010年4月发生的厄尔尼诺，推动BMD棕榈油价格上涨57.7%。DCE棕榈油上市以来经历了2009-2010年的厄尔尼诺，其价格上涨30%之多。
在我国油脂消费市场上，豆油和棕榈油分别占油脂消费的40%和20%，二者具有很强的替代性，且价格相关性较高。厄尔尼诺在提振棕榈油价格的同时，也将推涨豆油价格。
另外，厄尔尼诺会导致阿根廷降雨偏多，利于大豆产量提升。美国、巴西、阿根廷是中国主要的大豆进口国，阿根廷大豆增产，会对美国、巴西大豆价格造成压力。如果南美大豆在播种期之后遭遇厄尔尼诺，那么将会在生产期迎来丰沛的降雨。这有利于大豆中后期生长阶段的灌浆，大豆年产量将比前后年度的产量偏高。(金友期货)
