1.对出口货物管理
塞海关根据《海关法》和《关税及国内消费税法》及政府各有关部门颁布的进出口政令或进出口许可商品目录，对进出口货物进行监管。对于目录内产品的进出口需有相关部门发放的进出口许可(证)，海关方予以放行。
2.对自由区、保税工厂、保税仓库货物的监管
(1)根据《自由区法》及《自由区关税条例》，塞对进出自由区的货物进行严格管理。货物运进或运出自由区须持有关税局局长批准并经地方海关官员确认的报关单；运进自由区的货物须出示入境证，并按清关时的税率缴纳关税和国内消费税。自由区内企业生产所需进口机器设备、原材料免缴关税。自由区加工产品进入塞本地市场按其应税价值，以最惠国关税的最低税率(即欧盟成员国关税)缴纳进口关税。
(2)保税工厂产品只供出口。其生产所需进口机器设备及中间产品、包装材料等可有条件地减免关税。
(3)保税仓库有政府建立的，也有私人建立的。私人保税仓库需交初建费1万塞镑和2000塞镑的年许可费。存放在保税仓库的货物无需缴纳关税、难民税及消费税。进入市场按清关进口税率缴纳关税、难民税及消费税；如用于出口、复出口，则免缴。
3.对海外公司的海关管理
为鼓励外国投资者来塞，塞对海外公司及其外国雇员予以一定关税减免优惠政策。享受减免税待遇的主要条件有：
*公司办公室与居住场所分开，有通常的办公通讯设备，有上班人员等；
*可享受免税待遇的外国雇员年薪应在12000塞镑以上。
海外公司可向关税局局长提出书面申请，在满足上述条件后，由局长签发确认书，即可获得免税待遇。其中免税商品包括：
*小汽车、客货两用车、越野车、9座以下面包车；
*耐用办公设备，如复印机、打字机、计算机等；
*耐用家庭消费品，如电视机、录像机、洗衣机、冰箱、家用纺织品、厨房用具等等。
4.对旅客进出境的管理
海关对入境旅客实行检查和免检的双重通道申报。允许携带入境的免税物品有烟草250克、葡萄酒750毫升、烈酒1升、香水15毫升等。不得携带超过50塞镑的塞币现金。携带外汇现钞及旅行支票不受限制，但外国旅客携带外汇现钞金额超过1000美元的，必须申报。本国居民出境携带塞镑旅行支票、汇票或外汇现金，一般不得超过450塞镑。
5.其它
入境者(塞本国居民在境外连续时间超过72小时)允许免税进口的商品主要有：个人用衣物、珠宝、手提电话、照相机、录像机、专业用具等。如该入境者过去2年内在塞逗留时间不超过1年，可免税进口供其在塞期间(不超过1年)自用车辆一辆。对临时进口的产品，如：商业样品、广告宣传材料、展览会用商品、临时在塞修理及加工产品，暂免关税。
关税计征制度
1.关税计征
根据关税合作理事会所编制的商品协调编码系统，塞制定了本国税则，作为塞浦路斯管理关税的依据。进口货物关税征收以到岸价为基础。首先根据商品的状况、成份、用途确定商品税目分类，然后根据当地法律规定，确定商品计征税率。塞浦路斯现行8位编码关税税目共10500条，多数税目下的商品按从价税征收，同时政府根据具体需要，也实行特定关税(从量税)、混合关税(从价税与从量税混合)及替代关税(两者取其高)，主要用于征收农产品的进口税，这部分税目约占总税目的12%。对某些鱼类、切花、水果及蔬菜，还可适用季节关税。现在除个别重要的进口产品(如西红柿)外，多数季节关税在不同季节的税率并无实际差别。
2.关税约束义务
作为执行乌拉圭回合谈判的一部分，塞浦路斯对约80%的工业产品的约束税率为40%，但不包括一些旨在保护本地工业的产品(4位数的税目有
156个)。1998年1月1日起，塞进入与欧盟的《关税同盟协定书》的第二阶段，对于协定书的产品，与欧盟之间实现零关税，塞工业产品在遵守《原产地规则》(当地增值25%以上)的前提下，不受数量限制免税进入欧盟市场。但塞对未列入《关税同盟协定书》的个别敏感性商品，如水泥、纸板、水泵等产品的进口，仍实行进口附加税，按《关税同盟协定书》承诺的关税减免表征收。对欧盟以外产品，则采取与欧盟一致的共同对外关税。
3.关税减免
1996年初，塞浦路斯取消配额限制后，大幅提高农产品关税，从100%到350%不等。但进口税的减免政策也有相应调整。按1996年的《海关及国内消费税法》规定，对部分进口商品，按不同情况，实行减免税。
海关通关程序
1.申报
进出口货物可由货主自行报关，但为便利起见，货主通常委托经海关批准的报关行报关。报关文件主要有：报关单、发票、箱单、提单等。
2.查检放行
进出口商向海关申报各种报关单证后，海关审查单证，征收关税，到货场验货。单证与货物核对无误后，即可放行。通常，进口货物在到货当天即可清关；出口货物报关几小时就能办理完毕。估计不久对所有的海关手续将实现电脑化。
1989年起，塞浦路斯开始实施《海关估价准则》。海关对约10%的进口货物(通常是高关税货物)进行随机抽检。进口商需提交报关单，内容包括发票值、运保费及其他直接或间接费用，以证明申报商品的价值。如海关对发票内容有疑问，进口商可先交保证金清关，等候调查结果；同时，此发票将被送往出口国查证。如对海关作出的决定不服，可向上一级法院上诉。
海关其它职能与规定
关税局除负责管理海关事务外，还管理各种间接税的征收。这些税收除关税外，还包括国内消费税、临时难民税(TRL)及增值税等。关税局征得的税收在政府岁入中占相当的比重，以1998年为例，进口关税占政府岁入的12.8%，国内消费税占15.1%，增值税占19.5%。
1.国内消费税
对本国产品及进口产品征收的国内消费税是同等的(香烟除外，最惠国产品的税率为本国及欧盟产品的两倍)。主要征税商品是烟、酒、石油产品、汽车、皮衣等，税率为10%-40%不等。该项税赋仅次于增值税，是塞第二大间接税收入。
2.临时难民税
3.增值税
