(一)装载法定检验检疫商品的进境集装箱：检验检疫机构受理 报检 后，集装箱结合货物一并实施检验检疫，检验检疫合格的准予放行，并统一出具《入境货物通关单》。经检验检疫不合格的，按规定处理。需要实施卫生除害处理的，签发《检验检疫处理通知书》，完成处理后应 报检 人要求出具《熏蒸/消毒证书》。
(二)装载非法定检验检疫商品的进境集装箱和进境空箱：检验检疫机构受理 报检 后，根据集装箱箱体可能携带的有害生物和病媒生物种类以及其他有毒有害物质情况实施检验检疫，实施检验检疫后，对不需要实施卫生除害处理的，应报检人的要求出具《集装箱检验检疫结果单》;对需要实施卫生除害处理的，签发《检验检疫处理通知书》，完成处理后应报检人要求出具《熏蒸/消毒证书》。
(三)应在进境口岸实施检验检疫及监管的进境、过境集装箱：
1、口岸结关的、装载废旧物品的以及国家有关法律法规规定必须在进境口岸查验的集装箱，口岸检验检疫机构可根据工作需要指定监管地点对其集装箱实施检验检疫或做卫生除害处理。
2、对过境集装箱，实施监管。经口岸检查集装箱外表发现有可能中途撒漏造成污染的，报检人应按检验检疫机构的要求，采取密封措施;无法采取密封措施的，不准过境。发现被污染或危险性病虫害的，应做卫生除害处理或不准过境。
3、对已在口岸启封查验的进境集装箱，查验后要施加CIQ封识，出具《集装箱检验检疫结果单》，并列明所查验的进境集装箱原、新封识号。
(四)进境转关分流的集装箱
1、指运地结关(转关)的进境集装箱，由指运地检验检疫机构实施检验检疫。口岸检验检疫机构实施口岸登记后，根据集装箱外表可能传带的有害生物种类实施检验检疫，主要检查有无非洲大蜗牛和土壤等，一般在进境口岸结合对运输工具的检验检疫、箱体卸运或进入堆场后检验检疫进行。
2、口岸检验检疫机构应将在指运地检验检疫的进境集装箱的流向等有关资料信息及时通报有关检验检疫机构，以便加强对进境集装箱的检验检疫和监管工作。有关检验检疫机构应将逃漏检的情况及时反馈口岸检验检疫机构。
